Существует некий бизнес.
В рамках него открывается подразделение.
Как можно оформить документы так, чтобы инвестор мог претендовать только на подразделение?

А подразделение в отдельное ООО вывести никак?

арендованная территория у моего ооо, а в договоре написано, что нельзя сдавать в субаренду

Размер % зависит от аппетита инвестора и самих условий стартапера.

Кроме того, % может регулироваться в зависимости от ранее достигнутых договоренностей.

Например:
1. Вы "делитесь" с инвестором 30 % от проекта. Если проект не выходит на самоокупаемость в оговоренный срок, инвестор получает еще 20 % от проекта;
2. Если проект не выходит на самоокупаемость в оговоренный срок, инвестор получает еще 20 % от проекта. Однако, 20 % могут быть возвращены, если проект пройдет точку безубыточности.

Это лишь несколько примеров, каждая сделка обладает индивидуальными особенностями, только вы можете выбрать/составить для себя наиболее удобный способ взаимодействия.